当前位置:文档下载 > 所有分类 > 自然科学 > 生物学 > 复杂基因组组装软件——NOVOheter系列(高杂合基因组、高重复基因组、超大基因组)
侵权投诉

复杂基因组组装软件——NOVOheter系列(高杂合基因组、高重复基因组、超大基因组)

复杂基因组组装软件——NOVOheter系列(高杂合基因组、高重复基因组、超大基因组)

复杂基因组组装软件——NOVOheter系列(高杂合基因组、高重复基因组、超大基因组)

复杂基因组组装软件——NOVOheter系列(高杂合基因组、高重复基因组、超大基因组)

复杂基因组组装软件——NOVOheter系列(高杂合基因组、高重复基因组、超大基因组)

复杂基因组组装软件——NOVOheter系列(高杂合基因组、高重复基因组、超大基因组)

NOVOheter系列

全面攻克

复杂基因组组装软件

高杂合基因组 · 高重复基因组 · 超大基因组

组装难题

随着高通量测序技术的发展,越来越多的物种被测序,组装质量也因组装技术水平的提高而不断攀升,

但复杂基因组组装仍像一道高耸入云的峻岭横亘在科研工作者面前。为了支持物种复杂基因组的组装,挑战学术研究和产业发展的最前沿,

诺禾致源开发出 NOVOheter 系列软件,并基于 NOVOheter 建立起一整套针对复杂基因组组装的解决方案,

解决了以往复杂基因组项目周期长、费用高的问题,组装指标及质量均获国际学术界高度认可。

高杂合基因组组装

——NOVOheter1.0

杂合率大于0.5%的二倍体或多倍体属于复杂基因组,涵盖大部分林木类植物、水产类动物以及昆虫等,部分物种杂合率高达1%,甚至2%~3%,高杂合的基因组组装给基因组测序研究带来了较大挑战。诺禾致源团队开发的 NOVOheter1.0 软件,专门针对高杂合基因组组装,让高杂合不再成为组装难题(具体流程如图1所示)。表1是使用 NOVOheter1.0 软件完成的高杂合基因组组装结果。

图1 NOVOheter1.0 组装流程图

表1 诺禾致源部分高复杂基因组项目组装结果

BUSCO 评估

BUSCO(Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs)评估,利用单拷贝直系同源基因,评估基因组完整性。[2]

表4 BUSCO 评估结果统计

Species某植物

Genome size4.25 Gb

BUSCO notation assessment results C:95%[D:16%],F:1.8%,M:2.1%,n:956

由结果可知,956个直系同源单拷贝基因,组装出来了95%的完整单拷贝基因,说明组装结果完整。

各项评估结果表明,NOVOheter2.0 可获得真正高质量组装结果,

组装指标和组装质量毫不逊色于三代测序结果,是处理高重复基因组、超大基因组的研究利器。

项目经验

诺禾致源的全基因组测序项目涉及鸟类、哺乳动物、水产生物、珍稀动物、昆虫、栽培作物、水果植物、药用植物、藻类、林木类、灌木类等诸多物种,对“二代+三代”组装策略同样具有丰富的经验。近年来,诺禾致源通过自主研发的软件与技术,革新了数据分析手段,极大地缩短了客户的项目周期,并助其有效地压缩了研究成本。

“无限风光在险峰”,诺禾致源以科学的方案设计、严格的质控管理、专业的分析团队、丰富的项目经验,确保出色完成项目的每一个环节,助您饱览基因组学制高点的大好风光!

复杂基因组组装软件——NOVOheter系列(高杂合基因组、高重复基因组、超大基因组)

复杂基因组组装软件——NOVOheter系列(高杂合基因组、高重复基因组、超大基因组)

复杂基因组组装软件——NOVOheter系列(高杂合基因组、高重复基因组、超大基因组)

第1页

我要评论

返回顶部